VMD を起動できない問題を解決する方法とか

前にも解決したけど、分子モデリングプログラム Visual molecular dynamics (通称: VMD) で再インストールした際にまた躓いて、面倒だったので、その備忘録。


インストール後、端末などから実行しようとすると、rlwrap 絡みのエラーで実行できない(バージョン 1.9、1.9.1、1.9.2 で発生するっぽい)。
実行するとこんな感じ↓

$ vmd
rlwrap: No match.

調べた所、VMD を再インストールするとか、rlwrap をインストールするとかどうしようもないことが書かれているサイトもあったけど、最終的にVMD のメーリングリスト「VMD-L Mailing List」に解決方法が載っていた。

/usr/local/bin/vmd にある以下のソースを見つける (detect あたりで検索するとヒットする)

# detect if we have rlwrap available to have commandline editing                  
set vmdprefixcmd=""
if (("${ARCH}" == "LINUX") || ("${ARCH}" == "LINUXAMD64")) then
  set rlwrap=`which rlwrap`
  if ( -x "$rlwrap" ) then
    if ( -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat ) then 
      set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ -f ${MASTERVMDDIR}/vmd
    else 
      set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ "
    endif
  endif
endif

それを以下のように行頭に「#」を付けてコメントアウトする。

# detect if we have rlwrap available to have commandline editing                  
set vmdprefixcmd=""
if (("${ARCH}" == "LINUX") || ("${ARCH}" == "LINUXAMD64")) then
  set rlwrap=`which rlwrap`
#  if ( -x "$rlwrap" ) then
#    if ( -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat ) then 
#      set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ -f ${MASTERVMDDIR}/vmd
#    else 
#      set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ "
#    endif
#  endif
endif

すると、すんなり動く。
ちなみに、/usr/local/bin/vmd は管理者権限でしか編集できない。


余談だが、Ubuntu や LinuxMint での VMD のインストール方法は以下のとおり。

1. 「VMD - Visual Molecular Dynamics」の「Download VMD」から自分のアーキテクチャに合ったファイルをダウンロード (今回は Linux_64 OpenGL, CUDA を選択)
2. ダウンロードしたファイルを展開
   

   $ tar axvf vmd-1.9.2.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz

3. configure でアーキテクチャを指定
   

   $ cd vmd-1.9.2
   $ ./configure LINUXAMD64

4. インストール
   

   $ cd src
   $ sudo checkinstall

この場合だとアンインストールは以下のコマンドで OK。

$ sudo dpkg --purge vmd