無銘闇人の電脳ろぐ

2015/11/08

Protein Data Bank ファイルの vim 用 syntax ファイルを作ったよとか

仕事で分子情報を扱っている無銘闇人です。

さて、今回は誰の役に立つか分かりませんが、タイトルの通り、Protein Data Bank 形式 (*.pdb) の syntax をハイライトする vim ファイルを作ったので公開しました。
ダウンロードはこちらから。

折りたたんだ部分を開く »

2015/09/28

VMD を起動できない問題を解決する方法とか

前にも解決したけど、分子モデリングプログラム Visual molecular dynamics (通称: VMD) で再インストールした際にまた躓いて、面倒だったので、その備忘録。

インストール後、端末などから実行しようとすると、rlwrap 絡みのエラーで実行できない(バージョン 1.9、1.9.1、1.9.2 で発生するっぽい)。
実行するとこんな感じ↓

$ vmd
rlwrap: No match.

調べた所、VMD を再インストールするとか、rlwrap をインストールするとかどうしようもないことが書かれているサイトもあったけど、最終的にVMD のメーリングリスト「VMD-L Mailing List」に解決方法が載っていた。

/usr/local/bin/vmd にある以下のソースを見つける (detect あたりで検索するとヒットする)

# detect if we have rlwrap available to have commandline editing                  
set vmdprefixcmd=""
if (("${ARCH}" == "LINUX") || ("${ARCH}" == "LINUXAMD64")) then
  set rlwrap=`which rlwrap`
  if ( -x "$rlwrap" ) then
    if ( -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat ) then 
      set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ -f ${MASTERVMDDIR}/vmd
    else 
      set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ "
    endif
  endif
endif

それを以下のように行頭に「#」を付けてコメントアウトする。

# detect if we have rlwrap available to have commandline editing                  
set vmdprefixcmd=""
if (("${ARCH}" == "LINUX") || ("${ARCH}" == "LINUXAMD64")) then
  set rlwrap=`which rlwrap`
#  if ( -x "$rlwrap" ) then
#    if ( -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat ) then 
#      set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ -f ${MASTERVMDDIR}/vmd
#    else 
#      set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ "
#    endif
#  endif
endif

すると、すんなり動く。
ちなみに、/usr/local/bin/vmd は管理者権限でしか編集できない。

余談だが、Ubuntu や LinuxMint での VMD のインストール方法は以下のとおり。

「VMD - Visual Molecular Dynamics」の「Download VMD」から自分のアーキテクチャに合ったファイルをダウンロード (今回は Linux_64 OpenGL, CUDA を選択)

ダウンロードしたファイルを展開

$ tar axvf vmd-1.9.2.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz

configure でアーキテクチャを指定
```
$ cd vmd-1.9.2
$ ./configure LINUXAMD64
```
インストール
```
$ cd src
$ sudo checkinstall
```

この場合だとアンインストールは以下のコマンドで OK。

$ sudo dpkg --purge vmd

2015/09/18

gnuplot で「Å」を出す方法という訳で、ググると「encoding を iso_8859_1」にするというサイトが上位に上がっていますが、最近は UTF-8 という素晴らしい文字コードがあるので、それを使うと幸せになれたりします。
テキストエディタ作成したファイルを読み込ませてグラフを表示するとか…。

やり方は、「set encoding utf8」を実行してから、ラベルやタイトルで「Å」の入った文字列を入力するだけ。

ちなみに、Ubuntu や LinuxMint で、Å を ibus を使わずに入力するには、
Ctrl+Shift+u → 00c5 → Space
で入力できます。
他のアプリケーションでもこの入力が使えます。もちろん、LibreOffice でも…。

ちなみにちなみに、00c5 はコードポイントと呼ばれる数字で、これを変えると他の文字も入力できます。コードポイントについては、以下のサイトで検索するといいかも。

gnuplot 5.0.1 のインストール方法とか

gnuplot も 5.0.1 となり、使い勝手が良くなりました。
これまでの設定と互換性がない部分もありますが、デフォルトの線の色が原色でなくなったことで見やすくなったり、破線を細かく設定できたりします。詳しくは他のページで紹介されているので、そちらにお任せするとします。

さて、gnuplot の最近版を追いかけるとなると、PPA からではなく、自分でコンパイルしなければなりません。
Ubuntu 14.04 LTS や LinuxMint 17 (あるいはアップグレードした 17.x) だと、何も考えずに ./configure と make、checkinstall (make install) で解決なのですが、最新版の LinuxMint 17.2 (クリーンインストール) でつっかえたので、備忘録として書いておきます。

gnuplot 5.0.1 をダウンロード
ダウンロードした gnuplot-5.0.1.tar.gz を展開
```
$ tar axvf gnuplot-5.0.1.tar.gz
```

必要なパッケージのインストール

$ sudo apt-get install [下のパッケージ]

wxgtkウィンドウに出力する場合

libwxgtk2.8-dev
libwxgtk3.0-dev というライブラリも存在しますが、gnuplot では正常にコンパイルできないバグ(?) があるようです。今回私が手こずったのはこのせい。
make で「wxterminal/wxt_gui.o: シンボル 'XInitThreads' への未定義参照です (wxterminal/wxt_gui.o: undefined reference to symbol 'XInitThreads')」というエラーが出る場合はこの問題に引っかかっています。
また、このライブラリがなくてもコンパイルはできますが、wxgtk ウィンドウに出力できなくなります (wxt ターミナルが使えなくなる)
→ Gnuplot - Dev - CVS build fails on Ubuntu 14.04 i386
→ gnuplot / Bugs / #1401 changes needed in order to support wxWidgets 3.0
liblua5.1-0-dev
libgd-dev
libcairo2-dev
libglib2.0-dev
libpango1.0-dev

Qt ウィンドウに出力する場合は上記に加え、以下のパッケージのインストールが必要です

qt5-default
configure 時に「No package 'Qt5Core' found」「No package 'Qt5Gui' found」「No package 'Qt5Network' found」「No package 'Qt5PrintSupport' found」と出るのはこれがインストールされていないせい。
→ Ubuntu 14.04 Qt5 development libraries? - Ask Ubuntu
qttools5-dev-tools
libqt5svg5-dev
configure 時に「No package 'Qt5Svg' found」と出るのはこれがインストールされていないせい。

configure の実行
```
$ cd gnuplot-5.0.1
$ ./configure [オプション]
```
オプションには --with-readline=builtin (補完機能を付加) や --with-qt (qt ウィンドウに出力) などがあります。詳しくは ./configure --help を実行すると指定できるオプションが出力されます。
make の実行
```
$ make
```
※ 「-j [CPU数]」を付け加えると、並列でコンパイルするのでコンパイル作業がいくらか捗ります。
インストール
```
$ sudo checkinstall
```
※一度、deb パッケージ変換してからインストールするので、アンインストールが楽になります。
or
```
$ sudo make install
```

これで完了するはず。

にしても、LinuxMint 17.2 にクリーンインストールしたのは、何も検証せずに、gnome3 の staging なんていうテスト PPA をぶち込んだのが原因…。gnome3 は根幹を司るパッケージが多いため、マウスがカクカクしたり、ダイアログがいつもと違ったりとひどい目にあいました。いつも作業している環境をクリーンインストール状態から簡単に再構築するシェルスクリプトがあったので助かりましたが、ウイルスやアドウェアの脅威が少ない Linux であっても、PPA の導入は気をつけなければならないなという教訓的な出来事でした。

2015/06/13

AutoPagerの代替アドオン「Google Auto Next Page」の紹介とか

今回はFirefoxのAutoPagerについて。

Googleの検索画面や掲示板サイト、ギャラリーサイトなどを見ていると、よく「次へ」とか「2、3、4、…」なんていう複数のページのナビゲーションリンクがあったりしますが、Autopagerは定義されているサイトであれば、ただページの下に行くだけで次のページを自動で展開してくれるという便利なアドオンです。

無銘闇人もGoogle検索で御用達のこのアドオン。
しかし、近年のFirefoxのリリースサイクルにアドオン開発者が追いつかなくなったのか何なのかメンテナンスされていない様子…。そして、ついにアドオンが機能しなくなりました。

その打開策として、様々なサイトで紹介されているのが、「AutoPager fixed」です。

しかし、多くの方がうまくいくのに、それがうまくできないことに定評のある無銘闇人は、今回もうまくいきませんでした。
確かにページの自動展開機能は動いているようですが、場合によってはGoogleの検索画面やブログサイトが右の写真のように残念な白ページ展開に…。

100%の再現手順はありませんが、日本語で、全角スペースを入れると出てくるような気がします。

それで、これを解決すべく、色々、別のアドオンを探してみますが、FirefoxではAutoPagerほど細かい設定ができない(全てのサイトを展開してしまう) 「AutoPagerize」かAutoPagerの2択なのか、あまり有益な情報は得られず…。

その中でも同様の機能を有するChromeのアドオンとして紹介されていたのが、「Google Auto Next Page」です。もちろん、Firefox版(Google Auto Next Page :: Add-ons for Firefox)もありました。

検索結果はこんな感じ(右画像)で、白ページ展開も今の所ないです。

対象サイトはGoogle検索に絞られてしまいますが、私のようにGoogle検索でAutoPagerのような機能を使いたい人にはオススメのアドオンです。

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